室町幕府の第3代将軍・足利義満は、天皇家に取って代わって自分の王朝を開こうとした唯一の人物である。成年に達すると強引な権力者となり、支配を国中に及ぼし、南北朝時代に幕を閉じた。将軍職を退いても太政大臣となり、国政を続けた。生母をなくした後小松天皇の母がわりとして、皇族出身でない自分の妻の日野康子を「准母（じゅんぼ）」に指名した。こうして、義満は天皇の継父に相当することとなり、死後「太上法皇（出家した太上天皇の尊称）」と呼ばれることができる資格を手に入れた（実際は遺族が辞退した）。1401年（応永8年）、明と国交を樹立し、明の皇帝から「日本国王」の称号を受領した。これにより、征夷大将軍の地位にある人物が皇位に最も近づいた。しかし、1408年の義満の死で、彼の野望はついえた。後継者の誰一人として義満の野望を繰り返そうとはしなかった。
指摘するべきは、義満の野望を妨げたのは、天皇でも征夷大将軍でもなく「そんなことはありえないことだ」という強力な暗黙の合意があったことである。
天皇は神々に位（神階）を、神社に格（社格）を付与し、高位の僧職者に位階と称号（僧位）を授与していた。将軍や国土にも、その健勝と繁栄を祈った[19]。天皇は死者を神格化でき、また神格を取り消すことができた。
1615年、徳川家康は後水尾天皇に、豊臣秀吉が死後与えられていた神格を取り消すよう要望した。翌年、家康が死ぬと、天皇は彼の生前の要望を受け容れて、家康を神格化した。東を照らす太陽神として顕現した薬師如来を意味する「東照大権現（とうしょうだいごんげん）」の神号を与えた。しかも、この神号は「正一位」の神階を伴っていた。没後の将軍で、最も高い神号や神階だった。
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第3代将軍・徳川家光は、家康を祀（まつ）る日光東照宮を造営した。また、伊勢神宮と同等の社格が与えられ、毎年、伊勢神宮とともに天皇の勅使が拝礼のため遣わされた[23][24]。それ以降、江戸時代の間、100前後の東照宮が日本全国に造られた。アメリカ合衆国カリフォルニア大学ロサンゼルス校教授（日本史）、ハーマン・ウームズは、徳川の将軍達は、天皇・京都・伊勢を結ぶ三角形に置かれていた＜イデオロギー空間の中心＞を、将軍・江戸・日光の三角形にシフトさせようとしたのだ、と示唆している